Основные отличия зелёной и голубой биотехнологии заключаются в областях применения:

• Зелёная биотехнология охватывает процессы в сельском хозяйстве, биотопливе и восстановлении окружающей среды, геомикробиологии. 1 Это исследования и технологии, направленные на создание биотехнологических методов и препаратов для борьбы с вредителями и возбудителями болезней культурных растений и домашних животных, создание биоудобрений, повышение продуктивности растений, в том числе с использованием методов генетической инженерии. 4
• Голубая (синяя) биотехнология связана с использованием водных биоресурсов и защитой водной среды обитания. 2 Прежде всего это использование морской биоты для получения пищевых, технических, биологически активных и лекарственных веществ. 4

Таким образом, зелёная биотехнология фокусируется на наземных процессах, а голубая — на водных.