Основные отличия между решёткой Пеннета и древовидным методом анализа генотипов заключаются в следующем:
Решётка Пеннета — это двухмерная таблица, позволяющая предсказать возможные генотипы и вероятность их появления у потомков в результате конкретного скрещивания. 39 Вдоль одной стороны квадрата расположены женские гаметы, вдоль другой — мужские. 1 В клетках таблицы на пересечении строк и колонок записываются генотипы потомства в виде комбинаций этих гамет. 9
Древовидный метод не отображает генотипы гамет верно, его выгодно использовать при скрещивании гомозиготных организмов. 1
Таким образом, решётка Пеннета ориентирована на анализ генотипов при скрещивании, в то время как древовидный метод используется в случае скрещивания гомозиготных организмов.