Основные отличия между рефлекторной теорией и системным подходом к изучению поведения заключаются в следующем:

1. Рефлекторная теория рассматривает поведение как реакции организмов на воздействие разнообразных факторов внешней среды. 6 Рефлекс — это закономерная ответная реакция организма на раздражитель. 6
2. Системный подход предполагает, что поведение строится на основе специальных функциональных систем. 7 В отличие от рефлекторной теории, теория функциональных систем не останавливается на действии как таковом, а доводит анализ поведения до полезного адаптивного результата. 7 Живым существам важны не действия, а результаты деятельности, удовлетворяющие их биологические и другие потребности. 7
3. В рефлекторной теории стимул детерминирует действие, а поведение завершается рефлекторным действием. 1 В системном подходе компоненты интегрируются при помощи системного механизма — афферентного синтеза, который заменяет схему «стимул — реакция». 1
4. Рефлекторная теория рассматривает поведение изолированно, в то время как системный подход предполагает, что поведение нельзя понимать изолированно, его необходимо рассматривать в контексте системы, в которой оно происходит. 8