Некоторые отличия лазерного микроскопа от классического светового микроскопа:

• Источник света: в световом микроскопе — светодиодные, галогеновые или дугоразрядные лампы, в лазерном — лазер. 35
• Принцип работы: в световом микроскопе весь образец равномерно заливается светом, в результате чего образуется большой несфокусированный фон. 4 В лазерном микроскопе лазерный луч фокусируется на определённом участке образца, а точечное отверстие отсекает сигналы, которые находятся не в фокусе. 4
• Разрешение: разрешающая способность светового микроскопа составляет порядка нескольких сотен нанометров, а его увеличение не превышает 1000–2000 крат. 3 Лазерный микроскоп имеет высокое пространственное разрешение не только в горизонтальном направлении, но и в вертикальном. 1
• Возможность получения трёхмерного изображения: сдвигая изображения микроскопа в направлении высоты, можно получить трёхмерное изображение или изображение, полностью находящееся в фокусе. 1
• Бесконтактное измерение: лазерные микроскопы используют свет для измерения, поэтому нет необходимости прикасаться к образцу. 1
• Контрастность изображения: лазерная подсветка работает со стороны объектива, а фоновое излучение стремится к нулю, что позволяет получить более контрастное изображение. 2