Основные отличия инфузорий от жгутиконосцев:

• Передвижение: инфузории передвигаются с помощью ресничек, а жгутиконосцы — с помощью жгутиков. 15
• Строение: у инфузорий более сложное строение, в частности есть два ядра: большое ядро, которое контролирует процессы жизнедеятельности, и малое ядро, отвечающее за размножение. 2 У жгутиконосцев клетка обычно имеет овальную или вытянутую форму. 2
• Питание: инфузории питаются бактериями, которые захватываются с помощью ресничек и поглощаются через клеточный рот. 1 Жгутиконосцы питаются за счёт захвата бактерий и мельчайших частиц, которые попадают в клеточный рот. 1
• Размножение: жгутиконосцы размножаются делением клетки на две дочерние, а инфузории — делением клетки на две части, а также половым процессом. 12