Некоторые отличия хламидомонады от других видов зелёных водорослей:

• Основной компонент клеточной стенки — гликопротеины, в то время как у большинства зелёных водорослей она состоит из целлюлозы. 3
• Тип питания: автотроф на свету, гетеротроф в темноте. 3
• Наличие светочувствительного глазка (стигмы). 14 Он содержит специальный пигмент, реагирующий на свет, и с его помощью хламидомонада «чувствует» источник света. 1
• Чашевидный хроматофор. 45 В нём находится хлорофилл и другие пигменты, а также откладываются питательные вещества. 1
• Наличие сократительных вакуолей. 25 Они удаляют излишки жидкости и поддерживают осмотическое давление на уровне, необходимом для жизни. 25
• Способность к передвижению. 2 Хламидомонада может активно передвигаться с помощью вращательного движения жгутиков, как бы ввинчиваясь в воду. 3