В чем заключаются основные отличия форматов GraphML и DOT для описания графов?

Некоторые отличия форматов GraphML и DOT для описания графов:

Основа:

• GraphML основан на XML. filext.com en.wikipedia.org
• DOT — текстовый формат. ru.ruwiki.ru ru.wikipedia.org

Типы описываемых графов:

• GraphML поддерживает широкий спектр графовых структур, включая ориентированные, неориентированные, смешанные графы, гиперграфы и другие. filext.com en.wikipedia.org
• DOT может описывать как неориентированные, так и ориентированные графы. ru.ruwiki.ru en.wikipedia.org

Атрибуты:

• GraphML позволяет указывать, являются ли рёбра ориентированными или неориентированными, а также связывать дополнительные данные с вершинами или рёбрами. en.wikipedia.org
• DOT даёт возможность применять различные атрибуты к графам, вершинам и рёбрам, которые контролируют такие аспекты, как цвет, форма и стили линий. en.wikipedia.org

Расширения файлов:

• GraphML имеет расширение .graphml. open-file.ru
• DOT — расширения .gv или .dot, при этом предпочтение отдается первому варианту —  .gv. ru.ruwiki.ru ru.wikipedia.org

Таким образом, GraphML ориентирован на более широкий спектр графовых структур и имеет особенности в отношении атрибутов и основы формата, в то время как DOT фокусируется на описании определённых типов графов и использует текстовый формат.