Основные отличия Flatpak от других систем управления пакетами в Linux:

• Децентрализованная система. 1 Пакеты могут быть скачены через несколько проверенных источников, самым популярным из которых считается Flathub. 1
• Изоляция приложений. 14 По дефолту приложения Flatpak работают «в песочнице», то есть изолированы от системной среды, что делает их безопасными для машины пользователя. 1
• Использование дополнительных runtime-слоёв. 5 Flatpak помимо основного runtime использует дополнительные и отдельно обновляемые runtime-слои (bundle) с типовыми наборами зависимостей для работы приложений. 5 Это позволяет сделать пакеты более компактными. 5

В то же время пакеты Flatpak обычно занимают больше места, чем софт Snap или AppImage. 1