Некоторые отличия филогении от таксономии в биологической систематике:

• Цели и задачи: филогения изучает взаимоотношения между различными группами организмов и их эволюционное развитие. 7 Цель — реконструкция эволюционного древа жизни. 7 Таксономия использует иерархический формат для классификации, наименования и идентификации организмов. 7 Основная задача таксономии — создание иерархической системы соподчинённых рангов, которая служит для построения естественной классификации организмов. 39
• Используемые признаки: таксономическая систематика использует информативные или хорошие признаки. 8 Филогенетическая систематика применяет все доступные признаки. 8
• Методы: таксономия представляет собой древообразную структуру классификаций определённого набора объектов. 39 Вверху этой структуры — объединяющая единая классификация (корневой таксон), которая относится ко всем объектам данной таксономии. 39 Таксоны, находящиеся ниже корневого, являются более специфическими классификациями, которые относятся к поднаборам общего набора классифицируемых объектов. 39 Филогения традиционно изображается в виде родословного (или филогенетического) древа. 4 Ветви дерева представляют родословные предков и/или потомков. 7 Родство между таксонами в филогенетическом древе определяется происхождением от недавнего общего предка. 7