Основные отличия эмбриологии растений от эмбриологии животных:

• Объект изучения: эмбриология растений изучает образование и закономерности развития зародыша растений, а также процессы онтогенеза, происходящие в семяпочке или цветке. 27 Эмбриология животных изучает предзародышевое развитие (образование половых клеток — гаметогенез), оплодотворение, зародышевое развитие, личиночный и постэмбриональный периоды индивидуального развития. 2
• Начало развития: у растений, размножающихся половым путём, онтогенез начинается с развития оплодотворённой яйцеклетки, а у размножающихся вегетативно — с деления соматических клеток материнского растения. 5 У животных эмбриональное (зародышевое) развитие охватывает процессы от первого деления зиготы до выхода из яйца или рождения. 3
• Основные этапы развития: у животных эмбриональное развитие включает три основных этапа: дробление, гаструляцию и органогенез. 3 У растений эмбриогенез включает четыре стадии: проэмбрио (дробление зиготы, образование двух клеток — базальной и апикальной), глобулярную (уплощение зародыша), сердцевидную (формирование семядолей, а между ними — апекса побега) и стадию торпедо (удлинение зародыша). 4

При этом у растений и животных есть и сходства: например, закономерности формирования половых клеток у них идентичны, а также им присущи сходные типы оплодотворения, различающиеся темпом слияния половых ядер и фазой митоза, во время которой происходит кариогамия. 1