Некоторые отличия бактериородопсинового фотосинтеза от хлорофиллового:

• Пигменты, которые участвуют в процессе. 15 В бактериородопсиновом фотосинтезе — бактериородопсин, в хлорофилловом — хлорофилл. 15
• Эффективность преобразования энергии. 18 Бактериородопсин — сравнительно низкоэффективный преобразователь: только около 20% энергии квантов света генерирует протонный потенциал. 1 Хлорофилльный фотосинтез отличается большей эффективностью: на каждый квант света переносится не один, а два иона Н+, или помимо транспорта Н+ происходит запасание энергии в форме углеводов, синтезируемых из СО2 и Н2О. 8
• Место сохранения. 8 Бактериородопсиновый фотосинтез сохранился только у бактерий, живущих в экстремальных условиях, где более сложный и менее устойчивый хлорофилльный фотосинтез не может существовать. 8
• Участие в образовании кислорода. 4 Хлорофилл не производит кислород напрямую, но передаёт электроны молекулам, которые могут удерживать энергию в связях. 4 В результате расщепления молекул воды образуется кислород, который выбрасывается в атмосферу. 4 Бактериохлорофилл не участвует в образовании кислорода в качестве побочного продукта фотосинтеза. 4