Основные ограничения использования аналогий в научных исследованиях заключаются в следующем:

• Возможность ошибочных выводов на основе поверхностных сходств между объектами. 1 Важно с осторожностью использовать аналогию, учитывая её ограничения и контекст применения. 5
• Недостаточность или иллюзорность знания. 2 Аналогия может быть недостаточной или вводить в заблуждение, если не учитывать все существенные различия между объектами или явлениями, которые сравниваются. 5
• Снижение прозорливости метода при недостаточном понимании глубинных особенностей объектов. 1

Таким образом, основным ограничением можно считать то, что аналогия применима на границе между знанием и незнанием, от этой границы зависит уместность и законность её применения. 2