Некоторые ограничения применения преобразования Гельмерта в геодезических измерениях:

• Невозможность учесть характер деформаций. 2 Это обусловлено погрешностью взаимного положения опорных геодезических пунктов, закрепляющих систему координат на местности. 2
• Невозможность использовать на краю зоны системы координат. 2 Нелинейный характер распространения искажений используемой математической проекции не позволит компенсировать их линейной поправкой. 2
• Ограничения по расстоянию и площади. 2 Преобразование Гельмерта рекомендуется использовать на расстоянии не более 1,5 км от опорного геодезического пункта или на сравнительно небольшой территории, например строительной площадки, площадь которой не превышает 5 кв. км. 2
• Влияние точности исходных данных. 35 Результат преобразования зависит от точности используемых параметров, а на практике они вычисляются на основе как минимум трёх известных точек. 3 Однако их точность влияет на последующие параметры преобразования, поскольку эти точки будут содержать свои ошибки. 3