Некоторые ограничения использования шифра Виженера в криптографии:

• Ненадёжность. 3 По современным стандартам шифр Виженера считается очень ненадёжным, его можно легко взломать. 3
• Повторение ключа. 45 Главный недостаток шифра Виженера заключается в том, что его ключ повторяется. 45 Это облегчает криптоанализ. 45
• Уязвимость к статистическому анализу. 4 Шифр Виженера не сохраняет частотность встречающихся букв и не может напрямую подвергаться статистическому анализу. 4
• Возможность подбора ключа. 1 При однократном шифровании, зная алфавит и зашифрованный текст, криптоаналитик может подобрать ключ шифрования. 1

Шифр Виженера не рекомендуется использовать для защиты действительно секретной информации. 3