Некоторые ограничения индекса Хирша при сравнении учёных из разных научных областей:

• Показатель не учитывает специфику цитирования статей в различных областях знаний. 3 Например, научные работы в области естественных или технических наук цитируются чаще публикаций в сфере гуманитарных или общественных наук. 3
• Индекс Хирша не учитывает количество соавторов и индивидуальный вклад каждого из них. 4 Это может быть критичным для учёных, которые работают в команде. 1
• Индекс Хирша не учитывает уровень (импакт-фактор) источника, в котором размещена публикация. 4 Чем выше импакт-фактор журнала, тем более значимые результаты описаны в опубликованных там статьях. 4

Таким образом, индекс Хирша работает хорошо только при сравнительном анализе учёных одной области науки. 5