Некоторые недостатки теории Бора при описании сложных атомов:

• Невозможность объяснить спектры более тяжёлых атомов. 1 Модель Бора может сделать предсказания о спектрах рентгеновского излучения K-альфа и некоторых L-альфа для более крупных атомов, но не может описать большую часть спектров. 1
• Невозможность объяснить тонкую и сверхтонкую структуру в спектральных линиях. 1 Эти структуры обусловлены множеством релятивистских и тонких эффектов, а также осложнениями, связанными со спином электронов. 1
• Невозможность объяснить эффект Зеемана. 1 Это изменение спектральных линий под действием внешних магнитных полей. 1
• Невозможность объяснить, почему некоторые энергетические уровни должны располагаться очень близко друг к другу. 1 Многоэлектронные атомы не имеют энергетических уровней, предсказываемых моделью Бора. 1
• Нарушение принципа неопределённости. 1 Модель считает, что электроны имеют известные орбиты и местоположения — две вещи, которые невозможно измерить одновременно. 1
• Невозможность описать образование молекул и закономерности в их спектрах. 5
• Невозможность определить (кроме частоты) другие характеристики излучения: интенсивность, поляризацию и другие. 5