Некоторые недостатки программированного обучения:

• Преобладание репродуктивных методов и регламентация деятельности обучаемого. 1
• Использование только для алгоритмически разрешимых познавательных задач. 1
• Ограничение живого общения с обучающим. 1 Это может снизить мотивацию и вовлечённость учащихся. 3
• Устранение из учебного процесса эмоционального компонента. 4 Это делает недоступным изучение в рамках данной технологии многих предметов гуманитарного цикла. 4
• Приучение учащихся к исполнительской деятельности вследствие работы над учебным материалом только по алгоритму. 4
• Недостаточность условий для развития творческого мышления. 4
• Необходимость технических устройств или специальных пособий и умений ими пользоваться. 14