Некоторые недостатки нотации BPMN:

• Сложная семантика. 13 Если использовать все возможности нотации по максимуму, то без специального обучения в схемах не разобраться. 3
• Трудночитаемость линейных схем. 3 Если схема включает множество исполнителей, которые задействованы в нескольких этапах, она получается вытянутой по вертикали, её сложно проанализировать. 3
• Невозможность указать стоимость исполнения действий в денежном эквиваленте. 3
• Неадекватное межпроцессное взаимодействие в части информационных потоков. 1 Стыковку моделей между собой по входам/выходам и синхронизацию по событиям приходится делать вручную, что ведёт к риску потери важной информации и дезинтеграции модели. 1