Некоторые ключевые трудности в функционировании малокомплектных школ:

• Неравные стартовые условия для детей дошкольного возраста на момент зачисления в начальное звено образовательного учреждения. 3 Для сельских детей качественное дошкольное образование и полноценная подготовка к школьному обучению в большинстве случаев недоступны. 2
• Трудности формирования универсальных учебных действий на совмещённых занятиях с несколькими классами одновременно по разным стандартам. 3 Наполняемость классов не позволяет учителю использовать различные формы работы и ситуации взаимодействия между обучающимися, характерные для классно-урочной системы. 2
• Организация внеурочной деятельности. 23 Отдалённые школы чаще всего лишены такой возможности, так как организация внеурочных занятий требует наличия в штате узких специалистов, которых не хватает в малокомплектных школах. 2
• Нехватка квалифицированных педагогических кадров. 2 Часто работа в сельской малокомплектной школе связана с преподаванием предметов не по профилю. 2 Также остро стоит проблема текучести педагогических кадров из-за низкого социального статуса профессии. 2
• Социальное положение семей школьников. 2 В сельской глубинке большая часть детей воспитывается в неблагополучных семьях. 2 Такое положение дел требует усиленной работы педагогов как с обучающимися, так и со всеми членами их семьи. 2