Ключевые различия между эктомезенхимой и энтомезенхимой заключаются в их происхождении и функциях:

1. Эктомезенхима возникает из эктодермы (материала нервных валиков). 1 Из неё образуется почти весь висцеральный скелет (слуховые косточки, жаберные дуги и т. д.), пигментные клетки и часть дермы. 1
2. Энтомезенхима возникает из энто- и мезодермы. 1 У позвоночных животных и человека она даёт начало различным формам соединительной ткани взрослого организма, форменным элементам крови, кровеносным сосудам и гладким мышцам. 1

Таким образом, эктомезенхима даёт начало конкретным структурам, в то время как энтомезенхима — общим тканям внутренней среды. 5