Некоторые ключевые различия между хлореллой и хламидомонадой:

• Классификация: хламидомонада относится к порядку Вольвоксовые, а хлорелла — к порядку Протококковые водоросли. 17
• Движение: хламидомонада подвижна, имеет два жгутика и светочувствительный глазок, с помощью которых активно передвигается в воде. 13 Хлорелла неподвижна, не имеет жгутиков и светочувствительного глазка. 17
• Органоиды: в организме хламидомонады есть сократительная вакуоль, которая помогает поддерживать баланс жидкости за счёт удаления избытка воды из клетки. 14 У хлореллы таких органов нет. 2
• Споры: зооспоры хламидомонады имеют жгутики, автоспоры хлореллы безжгутиковые. 1
• Размножение: для хлореллы не свойственно половое размножение, она размножается только бесполым путём. 12 Хламидомонада может переходить на размножение с помощью гамет, если условия её существования неблагоприятны. 1