Некоторые ключевые различия между классическим пептидным синтезом и твердофазным методом:

Реакционная среда: классический пептидный синтез проводят в растворе, а твердофазный — на специальном носителе (твёрдая фаза). 26

Процесс защиты реакционных центров: в классическом пептидном синтезе специальные молекулы соединяют с активными центрами аминокислот индивидуально по каждому мономеру. 6 В твердофазном синтезе защиту применяют не индивидуально, а непосредственно в ходе процесса при наращивании длины молекулярной цепочки. 6

Очистка продукта: при классическом пептидном синтезе после каждой стадии введения и снятия защитной группы, а также образования пептидной связи требуется очистка и контроль качества интермедиата. 10 Твердофазный синтез позволяет легко отмывать избыточное количество аминокислоты и другие побочные продукты от растущего пептида, иммобилизованного на подложке. 10

Автоматизация процесса: классический пептидный синтез часто требует оптимизации от одного цикла к другому, поскольку свойства растущих промежуточных пептидов не одинаковы. 10 Твердофазный синтез легко поддаётся автоматизации, что позволяет осуществлять быстрый синтез в одном реакторе. 10

Таким образом, основное различие заключается в том, что при классическом пептидном синтезе реакции проводят в растворе, а при твердофазном — на твёрдой подложке, что облегчает очистку продукта и автоматизацию процесса.