Некоторые ключевые различия между классической таксономией и фенетикой:
Классическая таксономия основана на филогении, то есть на общепринятых положениях об эволюционном происхождении и родстве. 4 При построении таксономической системы учитываются темпы эволюции, неравная дивергенция и уровень специализации линий потомков. 2
Фенетика предполагает, что организмы могут быть представлены суммой элементарных признаков (фенов), которым приписывается равный вес. 2 Систему строят на основе учёта суммы всех сходств и различий таксонов, получаемых по максимально возможному числу этих признаков. 2
Таким образом, классическая таксономия фокусируется на эволюционных связях между организмами, в то время как фенетика ориентирована на сходство между организмами, независимо от каких-либо эволюционных взаимосвязей. 14