Ключевые различия между протистологией и классической зоологией заключаются в объектах исследования:

• Протистология изучает одноклеточные эукариотные организмы, относящиеся к типу простейших. 15
• Классическая зоология исследует животных, включая все формы проявления их жизни: размножение, питание, миграции, распространение, численность, линьку, поведение, внешнее и внутреннее строение. 2

Таким образом, протистология фокусируется на одноклеточных организмах, в то время как классическая зоология изучает более сложные и разнообразные группы животных.

Кроме того, протистология тесно связана с цитологией, медициной, ветеринарией, паразитологией, гидробиологией, экологией и палеонтологией, в то время как классическая зоология включает в себя и другие разделы, например, зоологию беспозвоночных и позвоночных. 35