Ключевые различия между методами Циля-Нильсена и Бурри-Гинса заключаются в их назначении и принципе окрашивания:

1. Метод Циля-Нильсена предназначен для дифференциации кислотоустойчивых бактерий от некислотоустойчивых. 12 Кислотоустойчивые микроорганизмы окрашиваются в рубиново-красный цвет, некислотоустойчивые — в сине-голубой. 1
2. Метод Бурри-Гинса используется для окраски капсульных бактерий. 12 Метод основан на том, что капсула не воспринимает красители. 1 Капсулу выявляют негативным контрастированием фона по Бурри, а тела микробных клеток окрашивают фуксином. 1 В результате на тёмном фоне хорошо видна бесцветная капсула и красные тела микробов. 1