Ключевые различия между секвенаторами первого и третьего поколения заключаются в используемых методах и особенностях работы:

1. Секвенаторы первого поколения основаны на методе Сэнгера, который предполагает автоматизацию электрофорезных систем для определения миграции меченых фрагментов ДНК в геле и их разделения по массе (длине). 1 С помощью этого метода в 2004 году был впервые и с хорошим качеством секвенирован геном человека. 2
2. Секвенаторы третьего поколения работают путём измерения в реальном времени индивидуальных нуклеотидов одиночных молекул ДНК при добавлении нуклеотидов либо при протаскивании цепочки через нанопоровую белковую структуру. 1 Такой подход позволяет уменьшить габариты прибора до считанных сантиметров и проводить анализ образцов в полевых условиях или на выезде, что дополнительно снижает трудоёмкость и себестоимость процедуры. 2

Кроме того, секвенаторы третьего поколения отличаются возможностью получать длинные прочтения (риды), что важно при секвенировании генома. 3 Однако методы секвенирования третьего поколения отличаются более низким качеством прочтений и высокой, по сравнению с NGS, вероятностью ошибок. 3