Ключевые различия между близкородственным скрещиванием в селекции растений и животных заключаются в его целях и последствиях:

• В селекции растений близкородственное скрещивание (инбридинг) происходит при самоопылении перекрёстноопыляемых растений. 1 В результате получают чистые (гомозиготные) линии, чтобы закрепить полученный признак. 1 Однако наблюдается снижение жизнеспособности (инбредная депрессия), так как закрепляются не только полезные, но и вредные мутации. 1
• В селекции животных близкородственное скрещивание (инбридинг) проводится между братьями и сёстрами, родителями и детьми. 47 Цель — получить гомозиготное состояние определённых признаков, но это может привести к снижению жизнеспособности организма. 47 Однако за инбридингом следует скрещивание разных межлинейных гибридов, в результате которого нежелательные рецессивные аллели переводятся в гетерозиготное состояние, и вредные последствия близкородственного скрещивания заметно снижаются. 57