Некоторые ключевые отличия регуляции активности генов у прокариотических и эукариотических организмов:

• У прокариот регуляция осуществляется почти исключительно на уровне ДНК, так как в РНК часто невозможно внести какие-нибудь изменения до её трансляции. 1 У эукариот регуляция более разнообразная и сложная, она возможна и на других этапах процесса реализации наследственной информации. 14
• Почти всегда оперон эукариот содержит только один структурный ген, в то время как у вирусов и прокариот в большинстве оперонов их бывает несколько, иногда более десятка. 2
• У эукариот структурные гены, ответственные за разные звенья той или иной цепи биохимических реакций, как правило, разбросаны по геному, а не сосредоточены в одном опероне, как это часто имеет место у прокариотов. 2
• У эукариот существует одновременное групповое подавление активности генов во всём ядре, в целой хромосоме, или в большом её участке. 2
• Транскрипция и трансляция у эукариот разобщены, в то время как у прокариот — сопряжены. 2
• Многие мРНК длительное время сохраняются в клетке в виде особых частиц — информосом, в то время как мРНК прокариотов практически ещё в процессе транскрипции поступают в рибосомы, транслируются, после чего быстро разрушаются. 3