Ключевые отличия между фенетикой и кладистикой заключаются в подходах к биологической классификации:

1. Фенетика фокусируется на выявлении и изучении дискретных вариаций любых признаков (морфологических, физиологических и др.), маркирующих генетические особенности разных групп особей внутри вида. 68 Цель фенетики — разработка проблем популяционной биологии для выяснения закономерностей микроэволюции, разработки методов сохранения и рациональной эксплуатации природных популяций. 6
2. Кладистика предполагает классификацию организмов на основе порядка, в котором они отделялись от эволюционного дерева, несмотря на их морфологическое сходство. 2 Основное предположение кладистики заключается в том, что члены группы имеют общую эволюционную историю и потому более близко относятся друг к другу, чем к другим группам организмов. 4 Связанные группы определяются по наличию набора уникальных особенностей (апоморфий), которые отсутствовали у отдалённых предков, но которые характерны для большинства или всех организмов в пределах группы. 4