Некоторые ключевые отличия между амёбами и другими простейшими организмами:

• Органоиды передвижения: амёбы используют для движения ложноножки (псевдоподии), у других простейших (например, инфузорий) для передвижения есть реснички 125.
• Способ питания: амёбы захватывают твёрдые комочки пищи путём фагоцитоза, другие простейшие (эвглены, споровики) поглощают растворённые органические вещества. 4
• Размножение: амёбам характерно бесполое размножение, при котором клетка делится на две подобные клетки. 1 У других простейших бывает деление клетки на две или больше клеток (множественное деление, или шизогония). 1
• Форма клетки: у амёбы клетка не имеет постоянной формы, у других простейших (например, жгутиконосцев) есть уплотнённый наружный слой цитоплазмы (пелликулу), что позволяет поддерживать постоянную форму тела. 3
• Ядро: у инфузорий есть два ядра: большое (макронуклеус) осуществляет контроль над процессами жизнедеятельности в клетке, малое (микронуклеус) участвует в процессе полового размножения. 5 У амёбы сократительная вакуоль выглядит как небольшой пузырёк и внешне похожа на ядро. 5
• Сократительная вакуоль: у инфузорий сократительная вакуоль в форме солнышка, всегда две. 5 У амёбы сократительная вакуоль выглядит как небольшой пузырёк и внешне похожа на ядро. 5