В чем заключаются ключевые отличия между функциональной и онтогенетической дифференциацией?

Возможно, имелись в виду различия между понятиями «функциональная дифференциация» и «онтогенетическая дифференциация».

Функциональная дифференциация связана с трансформацией клеток, например, возбудимые клетки превращаются в нервные, отвечающие за приём и передачу сигнала от раздражителя, и клетки мышечной ткани, с помощью которых организм реагирует на внешнее воздействие. books.ifmo.ru

Онтогенетическая дифференциация — это процесс постепенного нарастания структурного и функционального разнообразия в ходе развития исходного зачатка (зиготы) и специализации образующихся при этом структур. infourok.ru

Таким образом, ключевые отличия заключаются в контексте, в котором рассматриваются эти понятия: функциональная дифференциация связана с преобразованием клеток, а онтогенетическая дифференциация — с индивидуальным развитием организма.