Ключевые отличия между шифрами подстановки и транспозиции заключаются в следующем:

1. В шифрах подстановки символы открытого текста заменяются другими символами, цифрами и символическими обозначениями в зависимости от ключа. 1 Идентификатор символа изменяется, в то время как его положение остаётся неизменным. 1
2. В шифрах транспозиции позиции букв в открытом текстовом сообщении переставляются таким образом, чтобы сформировать зашифрованное текстовое сообщение. 1 Этот метод изменяет не сами буквы, а порядок, в котором они появляются. 1

Таким образом, при подстановке буквы заменяются, а при транспозиции — меняются местами. 4 При этом в шифрах транспозиции все буквы открытого текста остаются в зашифрованном сообщении, но меняют свои позиции. 5