Некоторые ключевые отличия между молекулярными и морфологическими методами в филогенетике:
 Объект исследования: 
  - Морфологические методы основаны на сравнении сходств и различий в строении организмов.                                                                          nsportal.ru                       Изучают гомологичные и аналогичные органы, рудименты и атавизмы.                                                                          nsportal.ru                                                                                               vc.ru                       
  - Молекулярные методы предполагают анализ молекулярных данных, таких как ДНК, РНК и белки.                                                                          www.progkids.com                       Сравнивают последовательности генов, чтобы получить сведения об эволюционных взаимоотношениях организмов.                                                                          nsportal.ru                       
  
 Источник данных: 
  - Морфологические методы используют несколько десятков признаков.                                                                          biomolecula.ru                       
  - Молекулярные методы содержат множество данных, которые можно использовать в расчётах, — в генах могут содержаться сотни нуклеотидов.                                                                          biomolecula.ru                       
  
 Объективность: 
  - Морфологические методы могут быть субъективными, так как разные люди могут трактовать и кодировать морфологические признаки по-разному.                                                                          biomolecula.ru                       
  - Молекулярные методы считаются более объективными, так как нуклеотиды всегда одинаковы.                                                                          biomolecula.ru                       
  
 Применение: 
  - Морфологические методы более достоверны при работе с таксонами высоких рангов, чем на уровне видов.                                                                          biomolecula.ru                       
  - Молекулярные методы можно использовать как для анализа групп высоких рангов, так и для выяснения отношений между видами и даже между отдельными индивидами.                                                                          biomolecula.ru                       
  
 Таким образом, молекулярные методы фокусируются на изучении последовательностей ДНК и белков, а морфологические методы — на сравнении внешних признаков организмов.                                                                          nsportal.ru                                                                                               evolmorphan.ru