Ключевые отличия в дыхательной системе лучепёрых и лопастепёрых рыб заключаются в следующем:

• У лучепёрых рыб дыхательная система представлена от 5 до 7 пар жаберных щелей, поддерживаемых жаберными дугами и прикрытых с каждой стороны одной жаберной крышкой. 4 На жаберных дугах расположены жаберные лепестки, в которых находится густая сеть мелких капилляров, где происходит газообмен. 4 Костные рыбы засасывают воду через рот и на выдохе прогоняют её через жаберные щели, при этом вода омывает жаберные лепестки. 4
• У лопастепёрых рыб дыхательная система включает плавательный пузырь, который преобразуется в лёгкие. 3 Двоякодышащие лопастепёрые рыбы могут использовать для дыхания не только растворённый в воде кислород, но и содержащийся в воздухе. 1 В качестве органов воздушного дыхания выступают один или два пузыря, отверстия которых открываются на брюшной стороне пищевода. 1 Воздух в лёгкие поступает через ноздри, которые сообщаются с ротоглоточной полостью внутренними носовыми отверстиями — хоанами. 1