Некоторые ключевые отличия между фенетической и кладистической систематикой:

Цель классификации:

• Фенетическая систематика объединяет организмы на основе сходства, не учитывая их родства. 2 Каждый организм сравнивается с каждым другим по всем особенностям, в результате подсчитывается число сходств (или отличий). 69 Затем организмы группируются таким образом, чтобы наиболее похожие были расположены вместе, а наиболее сильно различающиеся — на максимальном расстоянии. 69
• Кладистическая систематика основана на предположении, что члены группы имеют общую эволюционную историю. 47 Поэтому они более близко относятся друг к другу, чем к другим группам организмов. 47 Связанные группы определяются по наличию набора уникальных особенностей, которые отсутствовали у отдалённых предков, но которые характерны для большинства или всех организмов в пределах группы. 47

Принцип формирования групп:

• Фенетическая систематика предполагает, что организмы могут быть представлены суммой неких элементарных признаков (фенов), которым приписывается равный вес. 2
• Кладистическая систематика предполагает, что организмы, относящиеся к одному таксону, имели общих предков. 2 Порядок соподчинения групп (относительный ранг) определяется только временем их возникновения. 2

Таким образом, фенетическая систематика фокусируется на сходстве организмов, а кладистическая — на их эволюционных взаимоотношениях.