Ключевые отличия в окрашивании грамотрицательных и грамположительных микроорганизмов заключаются в строении их клеточной стенки. 12

Грамположительные бактерии имеют более толстую клеточную стенку (50 нм и более), что способствует более глубокому проникновению в неё красителя, благодаря чему последний не поддаётся обесцвечиванию нейтральным спиртом. 1 В клеточной стенке грамположительных бактерий присутствуют тейхоевые кислоты, которые удерживают краситель. 2

Грамотрицательные бактерии имеют более тонкую клеточную стенку (15–20 нм), которая менее проницаема из-за большого содержания липидов. 2 Поры в ней после обработки спиртом остаются достаточно широкими, что приводит к удалению комплекса краситель-йод при окраске по Граму. 2 В результате при промывании после окрашивания спирт обесцвечивает краситель, и характерная окраска исчезает. 1

Таким образом, грамположительные микроорганизмы окрашиваются в сине-чёрный (тёмно-синий) цвет, а грамотрицательные — в красный или розовый цвет (цвет дополнительного красителя — фуксина). 3