Некоторые трудности отдалённой гибридизации растений и животных:

• Нескрещиваемость. 2 Оплодотворение не наступает из-за значительных генетических разрывов. 2 С увеличением таксономического расстояния между исходными формами вероятность успешного скрещивания снижается. 2
• Нежизнеспособность семян. 2 Полученные семена утрачивают способность прорастать. 2
• Бесплодие гибридов. 24 Потомки первого поколения оказываются стерильными вследствие нарушений в процессе мейоза и формирования гамет. 2 Бесплодие возникает из-за различий размеров, форм и количества хромосом в кариотипе родительских форм. 4

Для решения этих трудностей генетики используют, например, обратное скрещивание, скрещивание гибридов между собой и удвоение хромосомного набора. 2