Главные отличия бактериального генома от генома высших организмов (эукариот):

• Структура. 16 У бактерий в клетке имеется только одна макромолекула ДНК, замкнутая в кольцо (нуклеоид). 1 У эукариот генетический аппарат обособлен в виде клеточного ядра, внутри которого располагаются основные носители наследственности — хромосомы. 1
• Количество копий ДНК. 1 Прокариоты обычно содержат только одну копию ДНК на клетку, и почти во всех случаях в каждой молекуле ДНК присутствует лишь одна копия любого гена. 1 У эукариот количество хромосом видоспецифично и колеблется от двух (лошадиная аскарида) до тысячи (низшие растения). 1
• Компактность. 2 Бактерии обладают компактной архитектурой генома, в то время как для эукариот характерно наличие большого количества некодирующей ДНК в виде межгенных областей и интронов. 2
• Горизонтальный перенос генов. 29 В отличие от эукариот, которые эволюционируют в основном за счёт модификации существующей генетической информации, бактерии приобрели большой процент своего генетического разнообразия за счёт горизонтального переноса генов. 2