Некоторые главные недостатки методологического редукционизма в науке:

• Игнорирование специфики более высоких уровней организации. 4 Например, объяснение биологических явлений с помощью физических и химических законов, а социологических — с помощью биологических. 4
• Упущение из виду сложность системных взаимодействий. 2 Целое не всегда может быть полностью объяснено через анализ отдельных частей. 2
• Потенциально неполная картина истины. 2 В результате применения редукционистского подхода может возникать избирательный отбор фактов. 2
• Искажение сложных процессов упрощённой и однобокой интерпретацией. 2 Например, сложные процессы в мозге могут быть искажены такой интерпретацией. 2
• Игнорирование влияния социального окружения и культурных факторов. 2 Например, при объяснении психологических явлений редукционизм исключает значимость субъективного опыта и не учитывает влияние социального окружения и культурных факторов. 2