Некоторые эволюционные отличия между красными и зелёными водорослями:

• Набор пигментов. 15 У красных водорослей преобладают хлорофилл, каротиноиды (жёлто-оранжевые) и фикобилины (красно-синие). 1 У зелёных водорослей преобладает пигмент хлорофилл, именно он определяет их окраску. 1
• Место обитания. 3 Красные водоросли обитают преимущественно в морях, иногда на большой глубине, что связано со способностью фикоэритрина использовать для фотосинтеза зелёные и синие лучи, глубже других проникающие в толщу воды. 3 Зелёные водоросли широко распространены в пресных и морских водах, встречаются также на суше в увлажнённых местообитаниях: в почве, на коре деревьев, на камнях. 1
• Накопительное вещество. 4 У красных водорослей накопительным веществом является багрянковый крахмал, в то время как у зелёных — просто крахмал. 4