Некоторые достоинства метода электрофореза для анализа ДНК:

• Высокая разрешающая способность. 25 Электрофорез в агарозном и полиакриламидном гелях позволяет разделять фрагменты ДНК длиной до 500 нуклеотидов, отличающиеся между собой всего на несколько нуклеотидов. 1 При капиллярном электрофорезе максимальная анализируемая длина фрагмента ДНК составляет примерно 1200 нуклеотидов, а молекулы можно разделять, отличающиеся по длине всего на один нуклеотид. 1
• Гибкость метода. 2 Можно варьировать пористость геля, добиваясь оптимальных условий при разделении каждого конкретного образца. 2
• Возможность одновременного фракционирования нескольких препаратов. 34 Каждый препарат разделяется в электрическом поле независимо от своих соседей, образуя свой набор зон. 3
• Идентичные условия фракционирования разных препаратов. 34 Это даёт возможность достоверного сопоставления их состава путём сравнения положения полос в параллельных треках. 3