Внутренняя противоречивость теории Бора заключалась в механическом соединении классической физики с квантовыми постулатами. 2

Например, согласно первому постулату Бора, атом может находиться в стационарных состояниях, в которых он не излучает электромагнитные волны. 1 При этом электроны движутся ускоренно, что противоречит положениям классической физики, которая утверждает, что ускоренно движущийся заряд является источником излучения энергии. 1

Также теория не могла объяснить вопрос об интенсивностях спектральных линий и была неприменима для объяснения спектров атома гелия, содержащего два электрона на орбите, и тем более для многоэлектронных атомов. 2

В дальнейшем теория Бора была заменена современной квантовой механикой, основанной на более общих и непротиворечивых исходных положениях. 5