Значение реципрокного скрещивания в генетическом анализе заключается в возможности определить роль пола в наследовании признака. 13

Реципрокное скрещивание — это два эксперимента с противоположным сочетанием пола и исследуемого признака. 13 В одном эксперименте самца с определённым доминантным признаком скрещивают с самкой с рецессивным признаком. 13 Во втором — самку с доминантным признаком и самца с рецессивным. 13

По результатам реципрокного скрещивания делают выводы о наличии или отсутствии сцепления признака с полом: 2

• Если результаты скрещиваний не различаются, то сцепление отсутствует. 2
• Если результаты скрещиваний различаются и в одном из них наблюдается явление «крисс-кросс» наследования (материнский признак передаётся только сыновьям, а отцовский — только дочерям), то делают выводы о сцеплении признака с полом (о локализации соответствующего аллеля в Х-хромосоме). 2
• Если в обоих скрещиваниях происходит передача в F1 только материнского признака, то делают выводы о цитоплазматическом (материнском) наследовании признака (о локализации соответствующего аллеля в митохондриальной ДНК). 2

Однако в настоящее время, в связи с развитием молекулярной генетики, практическое значение реципрокного скрещивания снизилось. 1