Значение эпигенетических факторов в процессе онтогенеза заключается в том, что они обеспечивают оперативную адаптацию организма к условиям существования. 25

Эпигенетические механизмы обеспечивают пластичность, которая в итоге оказывается решающей и ведёт к успеху, так как развитие организма только по раз и навсегда созданной и жёстко запечатлённой в геноме программе обречено на неуспех, так как не учитывает влияний средовых факторов. 2

Также значение эпигенетических факторов в том, что они способствуют сохранению общей стабильности взрослого фенотипа при существовании определённого уровня генетической изменчивости. 1 При возникновении каких-либо нарушений процессов нормального развития буферные механизмы могут направить морфогенез по «обходным путям», приводящим к формированию нормального (неизменённого) фенотипа. 1