Вклад С. Г. Навашина в развитие науки заключается в его исследованиях в области химии, цитологии, биологии, эмбриологии и морфологии растений. 35

Некоторые достижения учёного:

• Открытие двойного оплодотворения у покрытосеменных растений. 25 Этот способ оплодотворения характерен для всех покрытосеменных растений. 2
• Изучение строения клеточного ядра и хромосом растений. 2 Навашин впервые обнаружил спутники хромосом и описал хромосомы различных видов растений. 2
• Исследование механизма проникновения пыльцевой трубки в семенную почку. 5 Учёный изучил этот процесс у берёзы, ольхи, вяза, грецкого ореха и доказал наличие халазогамии у других однопокровных растений. 5
• Создание отечественной школы цитологов и эмбриологов растений. 2 Среди учеников Навашина — крупные российские учёные, такие как Г. А. Левитский, В. И. Фаворский, Н. В. Цингер и другие. 2
• Вклад в морфологию и систематику мхов и паразитарных грибов. 3

С. Г. Навашин — лауреат премии имени К. Бэра (1904), член-корреспондент Баварской академии наук (1908), иностранный член Лондонского Линнеевского общества (1911) и другие. 5