Вклад Карла Бэра в эмбриологию заключается в следующем:

• Открытие яйцеклетки млекопитающих. 12 Учёный установил, что яйцо образуется в граафовом пузырьке, а затем проникает в полость матки, где прикрепляется и подвергается дальнейшему развитию. 1
• Изучение эмбрионального развития позвоночных животных. 1 Бэр показал, что зародыш позвоночных состоит из двух первичных пластов: эктодермы (внешнего) и энтодермы (внутреннего). 1 За их счёт позже формируются все органы. 1
• Сравнение зародышей позвоночных животных различных классов (рыб, земноводных, млекопитающих). 1 Учёный установил, что все они на ранних стадиях развития схожи между собой. 1
• Вывод о зародышевой плазме. 1 Бэр объяснил схожесть первых фаз развития эмбрионов у всех животных, включая человека, общностью их происхождения. 2
• Заложение основ сравнительной эмбриологии. 1 Результатом исследований Бэра стал трёхтомный труд «История развития животных. Наблюдения и размышления». 2

В области сравнительной анатомии Бэр сделал следующие открытия:

• Организовал Анатомический институт и привлёк в него в качестве руководителя Н. И. Пирогова. 2
• Унифицировал систему измерений и ввёл терминологический аппарат в краниологии (учении о черепе). 2 За это учёный был назван «Линнеем краниологии». 2
• Создал теорию типов как высших единиц в систематике животных. 3 Она строилась на других основаниях — не чисто анатомических, а подкреплённых наблюдениями за развитием организмов: разные типы избирают разные пути развития. 3