Суть метода молекулярного моделирования в биологии заключается в построении и изучении моделей молекул с целью понимания их строения, функций. 3 Также этот метод позволяет исследовать возможность рационального дизайна молекул с заданными свойствами. 3

Общей чертой методов молекулярного моделирования является атомистический уровень описания молекулярных систем — наименьшими частицами являются атомы или небольшие группы атомов. 1

Среди биологических явлений, которые исследуются методами молекулярного моделирования, — сворачивание белков, ферментативный катализ, стабильность белков, конформационные превращения и процессы молекулярного узнавания в белках, ДНК и мембранах. 1

Расчёты простейших систем при молекулярном моделировании могут быть выполнены вручную, но из-за большого объёма вычислений при моделировании систем, представляющих практический интерес, используются компьютерные методы расчёта и визуализации. 1