Суть метода Циля — Нильсена заключается в обнаружении и дифференциации кислотоустойчивых бактерий от некислотоустойчивых. 2 В качестве кислотоустойчивых бактерий выступают возбудители туберкулёза, лепры, микобактериозов. 2

Метод основан на использовании красителя красного цвета, содержащего основной фуксин и фенол, который специфически связывается со стенками клеток кислотоустойчивых бактерий. 1 Краску наносят на термофиксированный (предварительно нагретый) мазок тестируемого образца. 1

После окрашивания мазок на предметном стекле обрабатывают кислотно-спиртовым обесцвечивающим средством, которое удаляет краситель с некислотоустойчивых бактерий. 1 Кислотоустойчивые бактерии сохраняют окраску; под микроскопом они имеют ярко-красный цвет. 1

Затем мазок окрашивают метиленовым синим, для того чтобы некислотоустойчивые бактерии окрасились в контрастный синий цвет. 1