Специфика спелеологии как научного направления заключается в изучении естественных пещер, их происхождения и эволюции, возраста, морфологии, микроклимата, гидрологии, органического мира, остатков материальной культуры прошлых веков, а также географического распространения и современного использования. 13

Спелеология развивается на стыке структурной геологии, литологии, минералогии, гидрогеологии, вулканологии, геоморфологии, гляциологии, биологии, археологии. 13

Некоторые разделы спелеологии:

• Геоспелеология изучает состав пород, условия их залегания, разрывные нарушения и трещиноватость, морфологию и микроклимат (типы пещер по форме, температурные условия, влажность и циркуляция воздуха), подземные воды и льды, отложения и полезные ископаемые, эволюцию пещерных систем. 13
• Биоспелеология рассматривает пещеры как среду обитания растений и животных, изучает их видовой состав и особенности жизнедеятельности и эволюции. 2
• Антропоспелеология восстанавливает историю освоения и использования пещер человеком по вещественным памятникам (орудия труда, утварь, оружие, места погребений), древней живописи и отпечаткам следов. 2
• Палеонтоспелеология исследует ископаемые фауну и флору пещер. 13
• Региональная спелеология выявляет пространственные закономерности распространения пещер, разрабатывает принципы спелеологического районирования. 2
• Прикладная спелеология охватывает вопросы практического использования подземного пространства пещер в качестве лечебниц, картинных галерей, музеев, концертных залов, объектов туризма; включает правовые аспекты и вопросы охраны спелеообъектов. 13
• Техническая спелеология разрабатывает технические средства и методы прохождения, картирования, документации пещер, а также спасательных работ в них. 2