Сложности в определении однокоренных слов в русском языке могут быть связаны с несколькими факторами:

• Исторические чередования согласных. 2 Из-за изменений в звуковом строе языка один и тот же корень в разных словах может звучать неодинаково. 2 Например, в словах «сжать» и «сжимать» корни «-жа-» и «-жим-» выглядят совершенно по-разному. 1
• Омонимичные корни. 1 Слова могут иметь одинаково звучащие, но разные по значению корни. 1 Например, «водяной» (от «вода») и «водить» (вести) имеют омонимичный корень «вод». 1
• Лексические отличия. 2 Существуют слова, имеющие одинаковые корни, но не являющиеся однокоренными. 2 Например, в прилагательных «мирный» и «мировой» можно выделить корень «мир-», но слова не будут однокоренными, так как в первом случае прилагательное образовано от слова «мир» в значении «без войны», а во втором — в значении «то, что вокруг, вселенная». 2
• Смешение однокоренных слов и форм одного слова. 2 Например, слова «морковь» и «морковка» — это однокоренные слова, а «морковку» и «морковки» — это словоформы слова «морковка». 2
• Ограниченность словарного запаса. 4 Это может вызывать затруднения при самостоятельном подборе родственных слов. 4

Для преодоления сложностей в определении однокоренных слов можно использовать морфемные словари, составлять словообразовательные цепочки, проводить этимологический анализ. 1